MTs Al Ma’had An Nur merupakan lembaga pendidikan yang berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Al Ma’had An Nur yang berdiri pada tahun 1994 berdasarkan SK Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi DIY Nomor 24/KTPS/1994 tanggal 21 April 1994 tentang Persetujuan Pembukaan MTs Al Ma’had An Nur Bantul Yogyakarta.

Seiring dengan perkembangan madrasah dan kebutuhan dalam mendukung proses pembelajaran, pada tahun 1994 Perpustakaan MTs Al Ma’had An Nur didirikan. Perpustakaan menempati ruang dengan luas total sekitar 126 m². Keberadaan perpustakaan menjadi salah satu sarana penting dalam menunjang kegiatan pembelajaran, pengembangan wawasan, serta peningkatan budaya membaca bagi peserta didik.

Perkembangan lembaga pendidikan di lingkungan Yayasan Al Ma’had An Nur kemudian berlanjut dengan berdirinya Madrasah Aliyah (MA) Al Ma’had An Nur pada tanggal 22 Oktober 1996 yang dimaksudkan untuk memenuhi kebutuhan pendidikan lanjutan bagi peserta didik lulusan MTs Al Ma’had An Nur. Karena gedung MA pada saat itu berada dalam satu kompleks dengan MTs, pengelolaan perpustakaan kemudian dikembangkan menjadi perpustakaan terpadu MTs-MA Al Ma’had An Nur. Pengelolaan tempat, koleksi bahan pustaka, serta layanan perpustakaan dilakukan secara bersama oleh kedua lembaga.

Pada tahun ajaran 2020/2021, MA Al Ma’had An Nur membangun gedung baru sehingga kegiatan pendidikan MA tidak lagi berada dalam satu kompleks dengan MTs Al Ma’had An Nur. Seiring dengan perubahan tersebut, pengelolaan perpustakaan terpadu MTs-MA secara resmi berakhir. Selanjutnya, MTs Al Ma’had An Nur kembali mengelola perpustakaannya secara mandiri. Dalam proses pemisahan pengelolaan tersebut, aset dan koleksi bahan pustaka yang sebelumnya digunakan secara bersama dilakukan pembagian antara kedua lembaga sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

Pada tahun 2024, Kepala MTs Al Ma’had An Nur, Muhammad Sabiq Abqorie, M.Pd., melakukan pembenahan dan pengembangan manajemen perpustakaan. Perpustakaan MTs Al Ma’had An Nur kemudian diberi nama Perpustakaan Bayt Al Hikmah yang berarti “rumah kebijaksanaan” atau “rumah ilmu pengetahuan.” Perpustakaan Bayt Al-Hikmah dapat dimaknai sebagai tempat berkumpul, mencari, mengembangkan, dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan serta kebijaksanaan. Penamaan tersebut menjadi identitas baru perpustakaan sekaligus menjadi bagian dari penguatan tata kelola dan pengembangan perpustakaan.

Perpustakaan Bayt Al Hikmah selanjutnya didaftarkan pada Perpustakaan Nasional Republik Indonesia dan memperoleh Nomor Pokok Perpustakaan (NPP) 3402151I0000002. Sejak dilakukan pembenahan manajemen, Perpustakaan Bayt Al Hikmah terus mengalami perkembangan, baik dari aspek sarana dan prasarana maupun koleksi bahan pustaka.